Miejsce akcji Green Green rozgrywa się na wiejskich terenach Japonii w odizolowanej szkole dla chłopców Kanenone Gauken. Kanenone rozpoczyna rozmowy związane z połączeniem szkoły ze placówką tylko dla dziewczyn z nadzieją, że powstanie szkoła koedukacyjna. Zdecydowano się na przeprowadzenie testu, który ma na celu sprawdzić, jak dziewczyny i chłopcy będą sobie razem radzić. Dziewczyny przyjeżdżają na kilkutygodniową próbę.
Baka (jap. idiota) Trio, które składa się z Bacchiego-gū, grubego zboczeńca, Ichiban-Boshiego, samozwańczego kobieciarza i Tenjina, który też jest niesamowicie podniecony przyjazdem dziewczyn, cały czas zawraca głowę i wprowadza w kłopoty głównego bohatera – Yūsukego Takasaki.
Kiedy autobus z dziewczynami przybywa na miejsce, jedna z nich, Midori Chitose, nagle jako pierwsza wyskakuje z autobusu, rzucając się na zakłopotanego sytuacją Yūsukego. Kim jest Midori i skąd zna Yūsukego? Serial, poza pokazywaniem błazeństw i wybryków trójki idiotów, skupia się na odpowiedzi na to pytanie.
